Conquista y época colonial

Grabado de la captura de Atahualpa en Cajamarca.

A mediados del siglo XVI, sucedió la Guerra Civil Inca, tras la muerte repentina del Inca Huayna Capac y su heredero Ninan Cuyuchi (posiblemente por la epidemia de viruela traída por los europeos) se enfrentaron sus hijos Huascar y Atahualpa, este último venció a Huascar y destruyó la organización de Cusco, además de asesinar a gran parte de la familia real Inca, luego de esto se dirigió al norte a Tumibamba donde en Cajamarca fue emboscado y capturado por parte de la hueste de Francisco Pizarro, lo que agradó a los familiares de Huascar y a muchos cusqueños, luego se unirían a Pizarro miles de hombres de etnias opositoras a los incas, así fue recibido con honores Pizarro en Cusco y la ciudad ocupada sin mediar batalla, luego Pizarro fundó Lima. Al poco tiempo se suscitó la Guerra Civil entre los conquistadores por el repartimiento de las encomiendas del nuevo territorio. En 1542, se estableció el Virreinato del Perú, que en un comienzo abarcó de iure un espacio geográfico desde lo que hoy es Panamá hasta el extremo sur del continente. El nuevo orden provocó un nuevo levantamiento conocido como la Rebelión de los Encomenderos. En la década de 1570, el virrey Francisco de Toledo reorganiza el territorio pacificando el país de las guerras intestinas y culminando con la resistencia incaica.
El imperio español significó para el Perú una profunda transformación social y económica. Se implantó un sistema mercantilista, sostenido por la minería del oro y de la plata, de Potosí principalmente, el monopolio comercial y la explotación de la mano de obra indígena bajo una forma de mita.
A partir de fines del siglo XVII e inicios del XVIII, la recaudación de la Corona se vio lentamente socavada por el declive de la minería y la consecuente diversificación económica, así como por el contrabando comercial. En este contexto, fueron impuestas las Reformas Borbónicas en el país, que restaron poder político a la élite limeña y afectaron económicamente al comercio interno, lo que produjo diversos levantamientos de los cuales el de mayor repercusión fue la rebelión del descendiente de los incas Túpac Amaru II; esta última llegó a poner en peligro el gobierno virreinal en el Cuzco, pero al tomar tintes raciales contra criollos indistintamente, precipitó su derrota. Tras la muerte de José Gabriel Túpac Amaru, la cultura indígena fue férreamente reprimida por las autoridades borbónicas y atrazaron los proyectos emancipatorios dado el temor a nuevas asonadas contra la élite peninsular y criolla.